<scp>Meta?Fish?Lib</scp> : A generalised, dynamic <scp>DNA</scp> reference library pipeline for metabarcoding of fishes
نویسندگان
چکیده
The accuracy and reliability of DNA metabarcoding analyses depend on the breadth quality reference libraries that underpin them. However, there are limited options available to obtain curate huge volumes sequence data public repositories such as NCBI BOLD. Here, we provide a pipeline download, clean annotate mitochondrial for given list fish species. Features this include (a) support multiple metabarcode markers; (b) searches species synonyms taxonomic name validation; (c) phylogeny assisted control identification removal misannotated sequences; (d) automatically generated coverage reports each new GenBank release update; (e) citable, versioned DOIs. As an example ready-to-use curated library marine freshwater fishes U.K. To augment environmental specifically, 241 MiFish-12S sequences 88 species, make primer sets useful sequencing these. This brings common fragment 93%, opening avenues scaling up across wide spatial gradients. Meta-Fish-Lib is hosted at https://github.com/genner-lab/meta-fish-lib.
منابع مشابه
An Illumina metabarcoding pipeline for fungi
High-throughput metabarcoding studies on fungi and other eukaryotic microorganisms are rapidly becoming more frequent and more complex, requiring researchers to handle ever increasing amounts of raw sequence data. Here, we provide a flexible pipeline for pruning and analyzing fungal barcode (ITS rDNA) data generated as paired-end reads on Illumina MiSeq sequencers. The pipeline presented includ...
متن کاملdiagnostic and developmental potentials of dynamic assessment for writing skill
این پایان نامه بدنبال بررسی کاربرد ارزیابی مستمر در یک محیط یادگیری زبان دوم از طریق طرح چهار سوال تحقیق زیر بود: (1) درک توانایی های فراگیران زمانیکه که از طریق برآورد عملکرد مستقل آنها امکان پذیر نباشد اما در طول جلسات ارزیابی مستمر مشخص شوند; (2) امکان تقویت توانایی های فراگیران از طریق ارزیابی مستمر; (3) سودمندی ارزیابی مستمر در هدایت آموزش فردی به سمتی که به منطقه ی تقریبی رشد افراد حساس ا...
15 صفحه اولAn rbcL reference library to aid in the identification of plant species mixtures by DNA metabarcoding.
PREMISE OF THE STUDY DNA metabarcoding has broad-ranging applications in ecology, aerobiology, biosecurity, and forensics. A bioinformatics pipeline has recently been published for identification using a comprehensive database of ITS2, one of the common plant DNA barcoding markers. There is, however, no corresponding database for rbcL, the other primary marker used in plants. METHODS Using pu...
متن کاملdynamic coloring of graph
در این پایان نامه رنگ آمیزی دینامیکی یک گراف را بیان و مطالعه می کنیم. یک –kرنگ آمیزی سره ی رأسی گراف g را رنگ آمیزی دینامیکی می نامند اگر در همسایه های هر رأس v?v(g) با درجه ی حداقل 2، حداقل 2 رنگ متفاوت ظاهر شوند. کوچکترین عدد صحیح k، به طوری که g دارای –kرنگ آمیزی دینامیکی باشد را عدد رنگی دینامیکی g می نامند و آنرا با نماد ?_2 (g) نمایش می دهند. مونت گمری حدس زده است که تمام گراف های منتظم ...
15 صفحه اولSelection of a marker gene to construct a reference library for wetland plants, and the application of metabarcoding to analyze the diet of wintering herbivorous waterbirds
Food availability and diet selection are important factors influencing the abundance and distribution of wild waterbirds. In order to better understand changes in waterbird population, it is essential to figure out what they feed on. However, analyzing their diet could be difficult and inefficient using traditional methods such as microhistologic observation. Here, we addressed this gap of know...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Fish Biology
سال: 2021
ISSN: ['1095-8649', '0022-1112']
DOI: https://doi.org/10.1111/jfb.14852